Azərbaycanda özəl ali təhsilin bünövrəsini qoyan Azərbaycan Universiteti 1991-ci ildə təsis olunmuşdur.
Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının 3 mart 1993-cü il tarixli, Təhsil Nazirliyi Kollegiyasının 8 aprel 1993-cü il tarixli qərarları ilə dövlət qeydiyyatına alınmış, 01 saylı Dövlət reyestrinə qəbul edilmiş və ona sertifikat verilmişdir.
Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 04 mart 1995-ci il tarixli 72 saylı qərarı ilə Nazirlər Kabineti yanında Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının rəyinə əsasən, tərkibində orta ixtisas kolleci və ingilis dilli gimnaziya olmaqla, qeyri-dövlət Azərbaycan Universiteti Dövlət qeydiyyatına alınmışdır.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi Akkreditasiya Komissiyasının qərarına əsasən 24 fevral 2009-cu il tarixli 213 saylı əmrə əsasən ali təhsil müəssisəsi kimi təkrar akkreditə olunmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirinin 10.07.2009-cu il tarixli 929 saylı əmri ilə fəaliyyətinə verilmiş xüsusi razılığın müddəti daha 5 il uzadılmışdır.
2016–cı il fevralın 24-də Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat Nazirliyi “Azərbaycan Universiteti” Məhdud Məsuliyyətli Cəmiyyətinə Ali təhsil fəaliyyətini müddətsiz davam etdirməyə icazə vermişdir.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi Akkreditasiya Şurasının qərarına əsasən Nazirliyin 20 iyul 2018 - ci il tarixli, F-520 nömrəli əmri ilə özəl ali təhsil müəssisəsi kimi 5 (beş) il müddətinə təkrar akkreditə olunmuşdur.
- Fəlsəfə elmləri doktoru, professor, AMEA-nın müxbir üzvü Səlahəddin Xəlilov 1991-ci ildən 2006-cı ilə qədər;
- Pedaqoji elmlər doktoru, professor Fərahim Sadıqov 2006-2007-ci illərdə;
- İqtisad elmləri doktoru, professor, AMEA-nın müxbir üzvü, AMEA-nın İqtisadiyyat İnstitutunun İqtisadi tədqiqatların riyazi təminatı şöbəsinin müdiri Akif Musayev 2007-2011-ci illərdə;
- Yazıçı-dramaturq, fizika-riyaziyyat elmləri namizədi, dosent Aslan Qəhrəmanlı 2011-2012-ci illərdə Azərbaycan Universitetinin rektoru vəzifəsini icra etmişdir.
- 1 may 2012-ci il tarixindən 28 yanvar 2015-ci il tarixinədək Azərbaycan Universitetinin rektoru Azərbaycan Respublikası Milli Məclisinin II çağırış millət vəkili, iqtisad elmləri namizədi Eldar Qəhrəmanov olmuşdur.
- 28 yanvar 2015-ci il tarixindən 13 mart 2017-ci il tarixinə qədər Azərbaycan Universitetinin rektoru vəzifəsini hüquq üzrə fəlsəfə doktoru Fərid Əhmədov icra etmişdir.
- 13 mart 2017-ci il tarixindən isə Azərbaycan Universitetinin rektoru vəzifəsinə Səadət Əliyeva təyin olunmuşdur.
Azərbaycan Universiteti öz fəaliyyətində Azərbaycan Respublikasının Konstitusiyasını, “Təhsil haqqında Azərbaycan Respublikasının Qanunu”nu, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin fərman və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin qərar və sərəncamlarını, Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyinin əmrlərini, kollegiya qərarlarını və Universitetin nizamnaməsini rəhbər tutur.
Azərbaycan Universitetində ali təhsil “Təhsil haqqında Azərbaycan Respublikasının Qanunu” və Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 23 aprel 2010-cu il tarixli, 75 saylı qərarı ilə (Ali təhsil pilləsində dövlət standartı və proqramı) tənzimlənir.
Universitet 2006-cı ildən başlayaraq Bolonya bəyannaməsinin tələbləri əsasında fəaliyyət göstərir. Tədrisin təşkili, tələbələrin qiymətləndirilməsi Avropa Kredit Transfer Sisteminin (AKTS) tələblərinə uyğunlaşdırılmışdır.
Tədris Azərbaycan və ingilis dillərində aparılır. İngilis dilində tədris olunan ixtisaslara qəbul olan tələbələr üçün bir il dil hazırlığı proqramı tətbiq olunur.
Azərbaycan Universitetində ali təhsilin hər üç pilləsində kadr hazırlığı həyata keçirilir. Bakalavriat pilləsi üzrə 21 ixtisas, magistratura pilləsi üzrə MBA daxil olmaqla 20, doktoranturada 11, dissertanturada 18 ixtisaslaşma üzrə qəbul aparılır. Bakalavriat səviyyəsi üzrə tələbələrin sayı 1581, magistratura tələbələrinin sayı 149, doktorantların sayı 24, dissertantların sayı 37-dir. Hazırda tələbə sayı 1730-dur.
1995-2020-ci illər ərzində bakalavriat pilləsi üzrə 4547, 1999-2020-ci illər ərzində magistratura pilləsi üzrə 599 nəfər məzun olmuşdur.
Azərbaycan Universiteti “Erasmus+”, “Mevlana”, DAAD (Alman Akademik Mübadilə Xidməti) beynəlxalq mübadilə proqramlarının üzvüdür. “Erasmus+” proqramı tələbələrə Türkiyə və Avropanın qabaqcıl universitetlərində qısa müddətli təhsil imkanı qazandırır. “Mevlana” proqramı Türkiyə universitetləri, DAAD isə Almaniya universitetləri ilə akademik mübadiləyə şərait yaradır.
Azərbaycan Universiteti Sosial iş ixtisasını tədris edən ilk özəl universitetdir. Bu ixtisasın tədrisinə 2009-cu ildə başlanmışdır.
Universitet kompüter biliklərini beynəlxalq səviyyədə təsdiq edən ECDL sertifikat proqramının (European Computer Driving Licence) Azərbaycandakı rəsmi Akkreditasiya Olunmuş Test Mərkəzi olaraq, eyni zamanda ingilis dili biliklərini beynəlxalq səviyyədə təsdiq edən PTE (Pearson Test of English) proqramının imtahan alt mərkəzi kimi təsdiq olunmuşdur.
2019-cu ildə Ukraynanın Xarkov Milli Radioelektronika Universiteti ilə birgə Beynəlxalq İkili Diplom Proqramı təsis olunaraq tətbiqinə başlanmışdır. Proqram bakalavriat və magistratura pillələri üzrə kompüter elmləri və kompüter mühəndisliyi ixtisaslarını əhatə edir.
2019-cu ildən başlayaraq Universitetdə tələbələrin 4 ildə 2 fərqli ixtisas üzrə 2 diplom ala biləcəkləri Universitetdaxili İki Diplom (UDİD) Proqramı fəaliyyət göstərir.
2019-cu ildə ISO 9001:2015 “Keyfiyyət İdarəetmə Sistemi” sertifikatını əldə edən Azərbaycan Universitetində tədris və idarəetmə beynəlxalq standartlar əsasında təşkil olunur.
Universitetin rektoru Səadət Əliyeva 2019-cu ilin dekabr ayında Təhsil naziri Ceyhun Bayramov tərəfindən “Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919-2019) Azərbaycan Respublikasının yubiley medalı” ilə təltif edilmişdir. Yubiley medalı ilə elm və təhsil sahələrində yüksək nailiyyətlər əldə etmiş, bu sahələrin inkişafına xüsusi töhfə vermiş şəxslər təltif olunurlar.