Azərbaycan Universitetinin ali idarəetmə orqanı Elmi Şuradır. Elmi Şura seçkili orqandır, onun yaradılması və fəaliyyəti Azərbaycan Respublikasının Təhsil Nazirliyi tərəfindən təsdiq edilən "Ali təhsil müəssisəsinin Elmi Şurası haqqında Əsasnamə" ilə tənzimlənir. Azərbaycan Universitetinə ümumi rəhbərlik mövcud qaydada təşkil olunmuş və rektorun başçılıq etdiyi Elmi Şura tərəfindən həyata keçirilir.
Ali Təhsil Müəssisəsinin Elmi Şurası;
- Ali Təhsil Müəssisəsinin Nizamnaməsini qəbul edir, onda əlavələr və dəyişikliklər aparır, tələbələrin, müəllimlərin, əməkdaşların, aspirant, doktorant və dinləyicilərin daxili intizam qaydalarını təsdiq edir.
- Ali təhsil müəssisəsinin inkişaf proqramını təsdiq edir.
- Hər il ali məktəbin fəaliyyəti barəsində rektorun hesabatını dinləyir.
- Mütəxəssislərin, elmi-pedaqoji kadrların hazırlanması, onların ixtisaslarının artırılması və yenidən hazırlanması məsələlərinə baxır, bütün təlim-tərbiyə və elmi-tədqiqat işləri ilə bağlı məsələləri həll edir.
- Elmi Şuranın üzvləri içərisindən Şuranın katibini seçir, təhsil və elm, sosial-iqtisadi və təsərrüfat fəaliyyətləri üzrə komissiyalar yaradır. Onların hesabatlarını dinləyir və müvafiq qərar qəbul edir.
- Şuranın işini təşkil etmək, iclasları hazırlamaq və qərarların həyata keçirilməsinə nəzarət etmək məqsədilə Şura üzvləri içərisindən elmi katib seçir.
- Fakültələrin, kafedraların və ali təhsil müəssisələrinin digər struktur bölmələrinin yaradılması, ləğvi, yenidən təşkili barəsində məsələləri həll edir.
- Vaxtaşırı fakültələrin tədris, elmi-tədqiqat və tərbiyə işləri haqqında hesabatını dinləyir.
- Professor və dosent elmi adlarının, eləcə də respublikanın fəxri ad və mükafatlarının, orden və medallarının verilməsinə təqdim edir.
- Kafedra müdirlərini, professorları, baş elmi işçiləri seçir və onların vaxtında əvvəl tutduqları vəzifələrdən azad olunmaları məsələlərinə baxır.
- Müstəsna hallarda – fakültə Elmi Şuraları olmadıqda və münaqişələr yarandıqda rektorun qərarı ilə fakültə dekanları, dosent, baş müəllim və assistentləri, elmi işçiləri seçir və onların vaxtından əvvəl azad olunmaları barəsində məsələlərə baxır.
- Elmi Şura tədris ili və hər semestr üçün nəzərdə tutulmuş iş planı üzrə işləyir. Elmi Şuranın iş planı iclasda müzakirə olunub qəbul edilir və rektor tərəfindən təsdiq edilir.
- Tədris, elmi və tərbiyə işlərinin bütün məsələləri üzrə Elmi Şuranın qərarları açıq səsvermədə sadə səs çoxluğu ilə, professor-müəllim heyətinin, kafedra müdirlərinin, fakültə dekanlarının seçilməsi və geri çağrılması, professor, dosent və fəxri adların verilməsinə təqdimat zamanı isə müəyyən olunmuş qaydada gizli səsvermə yolu ilə qəbul edilir.
- Elmi Şuranın qərar çıxarması üçün onun üzvlərinin ən azı 2/3 hissəsinin iştirakı vacibdir. Elmi Şurada iştirak edənlərin ümumi sayının 50 %-dən çoxu müzakirə olunan məsələnin leyhinə səs verərsə qərar olunmuş hesab edilir.
- Elmi Şuranın qərarları yalnız ali məktəbin rektoru tərəfindən təsdiq olunduqdan sonra qüvvəyə minir.
- Elmi Şuranın iclasları protokollaşdırılır, Elmi Şuranın sədri və katibi tərəfindən imzalanır və elmi katibdə saxlanılır.
- Elmi Şuranın sədri Şuranın qərarlarının icrasının müntəzəm yoxlanılmasını təşkil edir və Şuranın üzvlərinə qəbul olunmuş qərarların yerinə yetirilməsi barəsində məlumat verir.
- Əsaslı səbəblər olduqda – Elmi Şuranın qəbul etdiyi qərarın obyektiv olmadığı, qanunvericiliyə zidd olduğu müəyyənləşdirildikdə ali məktəbin Elmi Şurasının qərarı həmin ali məktəbin tabe olduğu mərkəzi idarəetmə orqanı tərəfindən ləğv oluna bilər.