Azərbaycanda özəl ali təhsilin bünövrəsini qoyan Azərbaycan Universiteti 1991-ci ildə təsis edilmişdir. Universitetin sələfi olan Ali Humanitar Kollec həmin il iyulun 16-da Xalq Təhsili nazirinin əmri ilə fəaliyyətə başlamış, 1993-cü ilin yanvarında Ali Humanitar Kollecin ümumi yığıncağında onun özəl Azərbaycan Universiteti kimi fəaliyyət göstərməsi qərara alınmışdır.
Azərbaycan Universiteti Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının (DAEK) 3 mart 1993-cü il tarixli, Təhsil Nazirliyi Kollegiyasının 8 aprel 1993-cü il tarixli qərarları ilə özəl Azərbaycan Universiteti dövlət qeydiyyatına alınmış, 01 saylı Dövlət reyestrinə qəbul edilmiş və ona sertifikat verilmişdir.
1994-cü ilin sentyabr ayında yeni DAEK-in yaradılmasından sonra komissiyanın verdiyi rəy əsasında Azərbaycan Universitetinin fəaliyyətinə Təhsil Nazirliyi tərəfindən lisenziya verilmiş, Azərbaycan Respublikası Nazirlər Kabinetinin 04 mart 1995-ci il tarixli 72 saylı qərarı ilə Nazirlər Kabineti yanında Dövlət Ali Ekspert Komissiyasının rəyinə əsasən, tərkibində orta ixtisas kolleci və ingilis dilli gimnaziya olmaqla, qeyri-dövlət Azərbaycan Universiteti Dövlət qeydiyyatına alınmışdır.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi Akkreditasiya Komissiyasının qərarına əsasən 24 fevral 2009-cu il tarixli 213 saylı əmri ilə ali təhsil müəssisəsi kimi təkrar akkreditə olunmuşdur.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirinin 10 iyul 2009-cu il tarixli 929 saylı əmri ilə fəaliyyətinə verilmiş xüsusi razılığın müddəti daha 5 il uzadılmışdır.
2016–cı il fevralın 24-də Azərbaycan Respublikasının İqtisadiyyat Nazirliyi “Azərbaycan Universiteti” Məhdud Məsuliyyətli Cəmiyyətinə Ali təhsil fəaliyyətini müddətsiz davam etdirməyə icazə vermişdir.
Azərbaycan Respublikası Təhsil Nazirliyi Akkreditasiya Şurasının qərarına əsasən Nazirliyin 20 iyul 2018-ci il tarixli, F-520 nömrəli əmri ilə özəl ali təhsil müəssisəsi kimi 5 (beş) il müddətinə təkrar akkreditə olunmuşdur.
1997-ci ildə magistratura pilləsi üzrə tələbə qəbuluna başlanmışdır. 2003-cü ildən başlayaraq isə fəlsəfə doktoru proqramı üzrə doktorant və dissertant hazırlığı həyata keçirilir.
Azərbaycan Universiteti 2006-cı ildən başlayaraq Bolonya bəyannaməsinin tələbləri əsasında fəaliyyət göstərir. Tədrisin təşkili, tələbələrin qiymətləndirilməsi Avropa Kredit Transfer Sisteminin (AKTS) tələblərinə uyğunlaşdırılmışdır.
Azərbaycan Universiteti 2009-cu ildə kredit-çoxballı sistemin tətbiqi üzrə Təhsil Nazirliyi tərəfindən pilot ali məktəb elan edilmişdir.
Hazırda Azərbaycan Universitetində 3 fakültə, 6 kafedra fəaliyyət göstərir. Magistrant, doktorant və dissertantların tədris prosesini Beynəlxalq Magistratura və Doktorantura Mərkəzi təşkil edir. Bakalavriat səviyyəsinə 24, magistratura səviyyəsinə MBA daxil olmaqla 23, fəlsəfə doktoru proqramı üzrə doktoranturaya 8, dissertanturaya 9 ixtisas və istiqamət üzrə qəbul aparılır.
Universitetin professor-müəllim heyəti 258 nəfərdən ibarətdir. Tələbə sayı 3230-dur.
Birinci tədris ilinə 71 tələbə ilə başlayan Azərbaycan Universiteti ilk məzunlarını 1995-ci ildə vermiş, universitetin birinci buraxılışında 52 məzun bakalavr dərəcəsi almışdır. Ümumilikdə isə 1995-2023-cü illər ərzində bakalavriat pilləsi üzrə 5160, 1999-2023-cü illər ərzində magistratura pilləsi üzrə 828 nəfər məzun olmuşdur.
Hazırda tədris Azərbaycan və ingilis dillərində aparılır. İngilis dilində tədris olunan ixtisaslara qəbul olan tələbələr üçün bir il dil hazırlığı proqramı tətbiq olunur.
Azərbaycan Universiteti “Erasmus+”, “Mevlana”, DAAD (Alman Akademik Mübadilə Xidməti) beynəlxalq mübadilə proqramlarının üzvüdür. “Erasmus+” proqramı tələbələrə Türkiyə və Avropanın qabaqcıl universitetlərində qısa müddətli təhsil imkanı qazandırır. “Mevlana” proqramı Türkiyə universitetləri, DAAD isə Almaniya universitetləri ilə akademik mübadiləyə şərait yaradır.
Universitet kompüter biliklərini beynəlxalq səviyyədə təsdiq edən ECDL sertifikat proqramının (European Computer Driving Licence) Azərbaycandakı rəsmi Akkreditasiya Olunmuş Test Mərkəzi olaraq və ingilis dili biliklərini beynəlxalq səviyyədə təsdiq edən PTE (Pearson Test of English) proqramının imtahan alt mərkəzi kimi təsdiq olunmuşdur.
2019-cu ildə Ukraynanın Xarkov Milli Radioelektronika Universiteti ilə birgə Beynəlxalq İkili Diplom Proqramı təsis olunmuşdur. Proqram bakalavriat və magistratura pillələri üzrə kompüter elmləri və kompüter mühəndisliyi ixtisaslarını əhatə edir. 2021-ci ildə isə əməkdaşlığın yeni istiqaməti olaraq Azərbaycan Universiteti və Xarkov Milli Radioelektronika Universitetinin İnformasiya təhlükəsizliyi üzrə birgə tədris-tədqiqat laboratoriyası yaradılmışdır.
2019-cu ildən başlayaraq Universitetdə tələbələrin 4 ildə 2 fərqli ixtisas üzrə 2 diplom ala biləcəkləri Universitetdaxili İki Diplom (UDİD) Proqramı fəaliyyət göstərir.
2019-cu ildə ISO 9001:2015 “Keyfiyyət İdarəetmə Sistemi” sertifikatını əldə edən Azərbaycan Universitetində tədris və idarəetmə beynəlxalq standartlar əsasında təşkil olunur.
Universitetin rektoru Səadət Əliyeva Təhsil nazirinin əmri ilə 2019-cu ildə Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi münasibətilə və elm və təhsil sahəsində yüksək nailiyyətlərinə görə “Bakı Dövlət Universitetinin 100 illiyi (1919-2019)” Azərbaycan Respublikasının yubiley medalı, 2021-ci ildə, Azərbaycan Universitetinin 30 illiyi münasibətilə və yüksək ixtisaslı kadrların hazırlanmasında səmərəli elmi-pedaqoji fəaliyyətinə görə “Azərbaycan Respublikası qabaqcıl təhsil işçisi” döş nişanı, 2024-cü ildə isə Elm və Təhsil naziri Emin Əmrullayevin 26 oktyabr 2023-cü il tarixli əmrinə əsasən “Azərbaycan Dövlət Pedaqoji Universitetinin 100 illiyi (1921 –2021)” Azərbaycan Respublikasının yubiley medalı ilə təltif edilmişdir.